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种蛋的蛋壳都带有细菌，这些细菌在温度适宜时繁殖很快。据研究,新生的蛋壳表面细菌数为100～300,15分钟后为500～600,1小时后达4000～5000,尤其是铺垫草养的鸡舍,种蛋更易为细菌所污染。
种蛋污染不仅影响孵化率,更为严重的是污染孵化器和用具,传染各种疾病(鸡马立克氏病、鸡淋巴白血病、鸡沙门氏菌病、慢性呼吸道疾病及雏鸡白痢病、曲霉菌病、支原体病等)。因此,种蛋在入孵前必须进行消毒
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