1、沤根：西瓜苗沤根是一种生理病害，发生沤根时，首先是根毛停止生长，并由乳白色变成铁锈色，进一步发展，副侧根、侧根，以至主根表皮也逐渐变成铁锈色。植株生长缓慢，严重时根系表皮腐烂，不发生新根，幼苗萎蔫。沤根主要是由于床土温度低、湿度过大造成，底水又大的情况下，最易发生沤根。

　　防治沤根的方法主要是改善育苗条件，早春西瓜育苗可采用马粪酿热温床或电热温床，这样可保持较高的床土温度，同时苗床要控制浇水，特别是连阴天时不要浇水。对沤根较轻的瓜苗，应加强中耕松土，提高苗床温度，或者结合中耕松土在瓜苗根部撒上1:5的草木灰、细干土吸湿。

　　2、烧根：是一种生理病害，发生烧根时，根系发黄，不发新根，但不烂根，地上部生长缓慢，植株矮小脆硬，形成小老苗。烧根主要是施肥过多及土壤干燥造成的。苗床土中施用没有充分腐熟的有机肥，或者有机肥、化肥未与床土充分混合，都易发生烧根。因此，配制苗床土时，用肥量要适当，特别是不要使用过多化肥，一定要用充分腐熟的有机肥，各种肥料要与床土充分拌匀。在配制好苗床营养土后，可先撒一把白菜籽，如果白菜出苗后根系正常，再播种西瓜籽。苗床浇水要适宜，注意保持土壤湿润，勿使瓜苗因床土缺水而烧根。已经发生烧根时，要适当增加浇水量，降低土壤溶液浓度。浇水后应十分重视苗床的温湿度变化，晴天白天尽量加大通风量，以降低苗床内湿度；夜间则应当以保温为主，适当提高床温有利于根系恢复生长，促发新根。浇水以湿透床土为宜，防止浇水过多和床土长期过湿。因这时苗根已十分衰弱，如果浇水过多或床土长期过湿，有可能导致瓜苗发生沤根，而无法救治。