有时西瓜种子不发芽，其原因得从种子发芽过程和发芽条件说起。西瓜种子的发芽过程大致可分为吸水、发芽、发根、出土等几个阶段。西瓜种吸水阶段，是从干种子到吸水膨胀为止。这一阶段要求充分的水分和氧气，种胚（俗称种仁）吸水后逐步膨胀起来，同时吸入氧气，排出二氧化碳气，种子生理活动加强。西瓜种子发芽阶段，是从种子膨胀到胚根（俗称种子芽）发出为止。这一阶段要求温度维持在28～30℃，相对湿度在98～100%，还要有一定的黑暗时间。在这期间如果温度低于15℃，或水分过大，种皮积水，造成种胚供氧不足，就会严重影响发芽。西瓜种子发根阶段，是从胚根发出到侧根发出。脱皮阶段，是从侧根发出到种皮脱掉。顶鼻阶段，是从种皮脱掉到子叶出土。以上三个阶段，都要求较高的温度、较大的湿度和充足的氧气。 
　　西瓜种子的整个发芽过程，要求98～100%相对湿度，28～30℃的温度，有充足的空气和12小时以上的黑暗。如果缺少其中任何一个条件，都会影响种子发芽。在生产中往往是因为温度过低而使种子不能发芽。这是因为，温度过低影响了种胚的吸水速度的50%，而且种胚不能进行吸水活动，子叶内贮藏的营养物质无法流入胚芽，胚芽得不到必要的营养，自然不会萌发。这就是育苗时西瓜种子不发芽的原因。