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1.种子纯度：目前在国内外，种子搭载之前首先要进行种子的纯度检测，保证种子的纯度。搭载回来以后要进行地面第1次试种，出苗时形态性状会表现很多性状分离，要对每1株进行检测。选择有良好变异的单株进行第2代种植，仍然出现非常大的性状分离，把性状不好的全部淘汰掉，把好的突变体后代再进行第3代种植。第3代种植后，把最好性状的种子搜集起来种植第4代，一般第4代很稳定，即获得了1个稳定的新品种。
2.生长环境：要特别注意种子生长过程中的生长环境问题，很多品种表现型上的退化不是真正的品种退化，而是因为周围授粉环境不好。比如太空椒，旁边种的不是太空椒的花粉传过来，其后代又有可能返回原始性状。因此，要保持太空椒的优良性状，关键是要为其创造良好的繁殖环境。
3.太空停留时间：对于在太空停留时间对太空育种结果的影响这一课题，由于太空育种的精确度上难以控制，带有一定的盲目性，因而种子被高能离子击中的次数并不是越多越好，在太空中停留时间并不是越长越好。只要高能离子能够准确击中种子的DNA链条，并且是向着人类需要的方向组合就可以。太空育种结果与在太空停留时间没有太大关系。
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