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遗传因素 不同品种或不同品系的孵化率不同；近交种蛋孵化率低，杂交种蛋孵化率高。
种鸡周龄 母鸡初产期的蛋孵化率低；在30-42周龄产的蛋孵化率最高；以后随周龄增长而逐渐下降,约在45周龄后，孵化率降低2%-5%。
母鸡产蛋量 鸡的产蛋量与孵化率呈正相关，即鸡群产蛋量高其孵化率也高；影响产蛋量的因素也同样影响孵化率。
种鸡营养 日粮中营养不全如缺乏维生素A，孵化初期死胚增多；缺乏维生素D，孵化后期胚胎死亡率高；缺乏B族维生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雏增多。矿物元素钙、磷、锌、锰等缺乏，孵化率降低。
种鸡管理 鸡舍温度、通风及垫草的状况不良，造成舍内卫生较差，种蛋受到污染，从而影响孵化率。
健康状况 种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体等病均影响孵化率。有些疾病如鸡白痢、鸡支原体病等，可以通过带菌母鸡经蛋传染,尤应注意。
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