在《食品安全法》颁布实施前，我国涉及农药残留限量的有十几个不同的标准。其中国家标准有3项：《食品中农药*残留限量》(GB2763—2005)、《食品中农药*残留限量》(GB2763—2005第1号修订单)、《粮食卫生标准》(GB2715—2005)。行业标准则多达10项，如《农产品中农药*残留限量》、《蔬菜、水果中甲胺磷等20种农药*残留限量》等。而在这些标准之间存有相互交叉、重复等问题，甚至有一些存有矛盾。如农药百菌清在花生中的限量，国家标准GB2763—2005和农业行业标准NY662—2003中都重复规定为0.05毫克/公斤。而百菌清在小麦中的限量，国家标准GB2763—2005规定为0.1毫克/公斤，农业行业标准NY1500—2007则规定为0.05毫克/公斤。再如已禁止使用的磷胺，在稻谷中的限量国家标准GB2763—2005仍规定为0.1毫克/公斤，显然不符合国家加强对禁止使用农药管理的要求，因此新标准将其修订为更严格的“0.02毫克/公斤”。

　　2009年《食品安全法》颁布实施后，要求对现行的食用农产品质量安全标准、食品卫生标准、食品质量标准和有关食品的行业标准中强制执行的标准予以整合，统一公布为食品安全国家标准。为此，农业部加大力量对涉及农药残留限量的国家标准、行业标准进行了全面清理，同时加快新农药残留限量标准的制定工作。在有关部门的配合下，通过3年努力，农业部完成了对原有标准的整合修订任务，统一为一个标准文本。