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防治向日葵菌核病首先要注意实行轮作倒茬和清除病残体。提倡向日葵与糜黍、谷子、玉米等禾本科作物轮作，避免与豆科、茄科连作。轮作年限至少3～5年。秋收时尽量清除秸秆，刨出根茬并深翻10厘米以上。
其次是化学防治。包括用2.5％适时乐种衣剂包衣处理，药与种子的比例为1∶50或用50％多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种4小时；防治立枯型可用速克灵可湿性粉剂每亩1公斤拌适量砂土，结合播种均匀撒入播种机开沟内；田间发病初期用速克灵或菌核净对水逐株灌根防治，每穴2～3两药液，每隔7～10天灌防一次，至少两次。防治烂盘可用40%纹枯利（菌核净）800倍～1000倍液、乙烯菌核利或50%速克灵500~1000倍液、50%甲基硫菌灵（甲基托布津）1000倍液喷雾或多菌灵500倍液在盛花后间隔7天，连喷2~3次。
另外种植抗病品种、进行覆膜种植、变等距为大小垄种植、调节播期、建设无病留种基地、实行统一供种也有一定的防治效果。
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