敦煌种业2012年业绩亏损几乎已成定局，截至9月31日，公司亏损金额已达到2.35亿元。产品品种单一，研发能力在行业内相对较弱;发展运营策略不稳定以及管理存在一定缺陷等因素都是敦煌种业业绩改善的障碍。

　　主导产品结构单一 　研发乏力

　　“先玉335”是敦煌种业的主要收入来源。敦煌种业的利润主要来自于其合资子公司敦煌种业先锋良种有限公司(下称“敦煌良种”)，敦煌良种的收入主要来源于其主导产品“先玉335”。2011年年报显示，敦煌良种2010年为母公司贡献净利润1.63亿元，2011年贡献净利润1.29亿元;而这两年敦煌种业的净利润分别为2.37亿元以及1.35亿元。

　　中国种子网资料显示，2011年“先玉335”的售价大约为85元/袋(8000粒)，而2012年下滑至75元/袋左右。而该品种销售火爆时，价格曾达到百余元。

　　2011年3月，农业部发布推介的26个玉米品种中，“先玉335”不在其列，而之前是作为推介种子之一。2011年12月，农业部发布《关于2011年春季种子市场联动抽查结果》，“先玉335”因发芽率低和水分超标被判为“不合格”。同年“先玉335”被爆“转基因”。此后，针对该品种的负面报道频出，导致销量大幅下滑。

　　公司另一主要产品“吉祥一号”境况也不尽如人意。敦煌种业于2011年花费2680万元购买“吉祥一号”的终身经营权，虽然公司方面称其拥有独家经营权，但事实上敦煌种业是继甘鑫种业与武科种业之后的第三家授权经营商。

　　虽然“吉祥一号”被寄予厚望，但有关业内人士向记者透露：“目前套牌的种子(实质上就是‘盗版’种子)很多，该品种合法制种面积占不到总制种面积的十分之一。虽然种子的质量相差无几但价格都要比敦煌种业的‘吉祥一号’低不少，所以‘吉祥一号’的销量其实很不乐观。”

　　现有主导产品的销量呈颓势，敦煌种业在新产品的研发上也鲜有动作。敦煌种业增加产品品种的渠道主要为外部收购、联合培育以及授权经营，子公司研发的敦玉系列、新单系列在市场上的销量十分有限，不是行业内的主流产品。主导产品的“先玉335”以及“吉祥一号”分别为美国先锋种子公司以及武威市农业科学研究院所研发。

　　策略波动大　 管理存漏洞

　　敦煌种业2011年增发募资投资5个募投项目，其中购买新疆玛纳斯油脂资产、新疆玛纳斯1000吨/日棉籽生产线技术改造项目、番茄深加工项目，在项目方案公布时，就有研究员表示：“这几个项目短期内不会给公司带来利润。”而下述的业绩在一定程度上印证了这样的预测。

　　2011年净利润1.35亿元，较上年同期下降80.59%。种子产业虽实现净利润1.6亿元，但整体业绩受棉花及棉籽油脂业务以及食品加工业务拖累。

　　因此，2011年12月和2012年3月，公司两次变更部分募集资金用途，变更番茄深加工项目13000万元中的2680万元用于购买武威市农科院玉米杂交种“吉祥1号”生产经营权，5000万元用于在武威市设立全资子公司并建设玉米杂交种烘干生产线项目;后又将番茄项目剩余资金5320万元中的5000万元变更用于4条种子烘干生产线的建设。

　　业内人士表示：“虽然变更摆脱了番茄深加工对公司业绩的拖累，但是公司2011年左右不适当的多元化战略还是对后来的业绩有一定的负面影响，管理层应负一些责任。